Музей является структурным подразделением Института геологии рудных месторождений, петрографии. Минералогии и геохимии (ИГЕМ РАН).
Рудно-петрографический музей – единственный в России и на территории СНГ специализированный музей, располагающий систематической коллекцией всех известных видов магматических горных пород.
В основе собрания музея геологические экспонаты Кунсткамеры – первого русского музея, основанного в 1716 году в Петербурге. В 1930 году коллекции переданы в организующийся Петрографический институт, выставочная часть которого, в свою очередь, была реорганизована в Петрографический музей. В 1934 году музей переехал в Москву.
Пополнение коллекций происходило в основном за счёт каменного материала, собранного в о время геологических экспедиций сотрудниками учреждений, в состав которых входил музей. Со временем тематика коллекций музея значительно расширилась, и в 1933 г. он был переименован в Рудно-петрографический музей.
Общее число единиц хранения – 81 000 предметов (в том числе 5500 шлифов и аншлифов), в экспозиции – 5000.
Общая площадь музея – 670 м2, под экспозицией – 210 м2.
В фондах музея имеются коллекции магматических, метаморфических пород и руд большей части горно-рудных районов России и ряда зарубежных стран. В собраниях представлены образцы пород и руд со дна Мирового океана, керна сверхглубоких скважин, материалы, отражающие результаты изучения лунного вещества и импактных явлений на поверхности Земли. Экспозиции музея позволяют познакомиться с общими особенностями проявления магматизма и рудообразования на разных этапах геологической истории Земли. Специальный раздел музея посвящен неметаллическим полезным ископаемым. Эта тематика раскрыта на постоянно действующей выставке, являющейся филиалом музея.
Музей и выставка не рассчитаны на массовое посещение. По предварительной договоренности принимаются группы школьников и студентов учебных заведений землеведческого профиля, гости ИГЕМ РАН, участники совещаний. Сотрудникам различных геологических организаций предоставляется возможность работать с коллекция образцов и шлифов, а также получать помощь в подборке каменного материала, необходимого для выполнения тематических исследований. Музей располагает обменным фондом, представленным образцами пород и руд, а также шлифами и аншлифами.