Геологический музей создан в 1972 г. при Томском территориальном геологическом управлении согласно приказу по Министерству геологии РСФСР. В 1988 г. музей фактически прекратил своё существование. Лишь в 1989 г. началась работа по восстановлению музея и созданию на основе оставшихся экспонатов совершенно новых экспозиций. В запасники музея было принято на хранение несколько крупных партий образцов горных пород, пополнился обменный фонд, была создана шлифовальная мастерская.
Общее число единиц хранения – 33 360 экспонатов,в экспозиции – 1930.
Общая площадь музея – 910 м2, под экспозицией – 18 м2.
Основные темы экспозиции:
· нерудное сырье Томской области;
· полезные ископаемые России и стран СНГ;
· структурный раздел З-В профиля южной части Томской области;
· коллекция нефти;
· изделия из сырья месторождений области;
· минералы России и стран СНГ;
· ископаемые флора и фауна;
· классификация горных пород по буримости;
· археологические находки.
В музее создается компьютерный банк данных музейных образцов.