Музей создан в 2000 г. В основу коллекций положен обширный геолого-геофизический материал, полученный в результате выполнения проектов научного континентального бурения сверхглубоких скважин, а также бурения поисково-разведочных скважин на нефть и газ в осадочных бассейнах Восточно-Европейской платформы и на некоторых островах Арктики.
Общее число единиц хранения – более 20 000 образцов.
Общая площадь музея – 250 м2 , под экспозицией – 170 м2.
Основные темы экспозиции:
• Земля и её строение, биосфера, человек и природа;
• демонстрационные разрезы сверхглубоких скважин, составленные из эталонных образцов керна;
• сводные геологические разрезы центральной части Московской синеклизы и Ярославской области, составленные из образцов керна глубоких скважин;
• литолого-стратиграфическая коллекция отложений венда и нижнего палеозоя Московской синеклизы;
• палеонтологические коллекции ордовика и девона Московской синеклизы;
• полезные ископаемые Ярославской области;
• образцы донных отложений озера Байкал;
• керн скважин из отложений триасового возраста;
• общее минералогия и петрография.
В музее имеются банк данных «Научное бурение», обменный фонд. В шлифотеке музея представлены шлифы по семи сверхглубоким скважинам, скважина Московской синеклизы, Калининградской и Ульяновской областей, некоторых островов Арктики.