Музей основан в 1912 году на базе Архангельского общества изучения Русского Севера. Первыми экспонатами стали лопатка и череп мамонта, найденные на реке Дырнос в окрестностях Усть-Сысольска (название г. Сыктывкар до 1930 года). В 1983 году в музей привезли большое количество палеонтологических экспонатов с Сырачойской строительной площадки Ухтинского района. География геологических и палеотологических сборов охватывает практически всю территорию Республики Коми.
Отдел природы музея располагается в здании бывшего торгового дома купца Кузьбожева, построенном в 1912 году.
Общее число единиц хранения отдела природы – 12 000 экспонатов, геологических материалов – 583.
Общая площадь помещения музея – 4655 м2, под экспозицией – 1387 м2.
Основные темы экспозиции отдела природы:
· природа Республики Коми;
· развитие органического мира на планете;
· полезные ископаемые Республики Коми;
· зоология.
На электрифицированной карте в музее показаны месторождения полезных ископаемых Республики Коми – топливные ресурсы, цветные и редкие металлы, строительное сырье и поделочные камни.