Отдел природы музея-заповедника создан в 20-е годы XXв. Коллекции горных пород и ископаемых остатков флоры и фауны формировались в результате экспедиционной деятельности музея, а также поступлений от частных лиц. В 1924 году в музей поступила палеонтологическая коллекция К.А.Линовского (кости животных четвертичного периода). В 1987 году участники экспедиции Палеонтологического института РАН передали в музей окаменелости, найденные на месте раскопок В.П.Амалицкого на Северной Двине.
В 1980-е годы в музей поступают коллекции горных пород и окаменелостей, собранные во время экспедиции Вологодского педагогического института по обследованию геологических памятников природы района.
Число единиц хранения геологических материалов – 1028 экспонатов.
Экспозиционная площадь отдела природы – 30 м2.
Основные темы экспозиции:
· горные породы пермского возраста;
· минералы и окаменелости с урочища «Цветные кремни»;
· палеонтологические находки из раскопок В.П.Амалицкого;
· кости животных четвертичного периода.
В музее проводятся экскурсии «Охраняемые природные памятники территории района», читаются лекции.
