Единственный в России музей, основан в 1979 году, был задуман как музей одного минерала – янтаря. Расположен в своеобразной по планировке башне, построенной в середине XIX века и входившей в комплекс городских укреплений Кенигсберга. Экспозиция музея по содержанию делится на две равнозначные части: естественно-научную и культурно-историческую. Благодаря близости Пальмникенского месторождения, в котором сосредоточено около 90% мировых запасов янтаря, музею удалось собрать необычную разнообразную коллекцию «солнечного камня». Коллекция янтаря с различными животными и растительными включениями насчитывает более 1000 образцов.
Площадь под экспозицией – 1064 м2.
В культурно-исторической части музея собраны украшения и предметы быта из янтаря от эпохи неолита до наших дней.
Особую ценность представляют оригинальные изделия XVII-XVII Iвв. – эпохи расцвета искусства обработки янтаря. Среди них уникальные работы старых немецких мастеров, переданы в дар музею Оружейной палатой Московского Кремля: церемониальную трость одного из русских патриархов, декоративные тарелки, шкатулка, католическое распятие.
Многие интереснейшие работы представлены не подлинниками, а копиями и научными реконструкциями. Особое место в этом ряду занимают научные реконструкции знаменитой Янтарной комнаты, выполненные петербургскими реставраторами: модель одной из панелей в 1/5 часть от натуральной величины, орнаментальная композиция с южной стены и три фрагмента Янтарной комнаты в натуральную величину.
Современное искусство представлено изделиями Калининградского янтарного комбината и произведениями художников Калининграда, Москвы, Санкт-Петербурга и Латвии.
Выставки из его фондов часто экспортируются в различных городах России, странах СНГ, а также в Польше, Швеции, Японии.