Горный музей основан одновременно с Горным училищем в октябре 1773 года по указу императрицы Екатерины II. Музей является структурным подразделением Горного университета и подчиняется непосредственно ректору СПбГУ.
Начало музею положил Минеральный кабинет «Российских и иностранных минеральных и ископаемых тел», в который по распоряжению Берг-коллегии присылались с рудников наиболее примечательные образцы минералов, руд, а также заводских изделий. На приобретение коллекций выделялись большие средства, и Минеральный кабинет вскоре становится обладателем ценнейших собраний минералов.
Среди первых крупных пополнений Минерального кабинета: подаренная королём Густавом III коллекция минералов из шведских месторождений, минеральное собрание академика Э.Г. Лаксмана, знаменитая глыба уральского малахита, пожалованная императрицей Екатериной II, коллекция профессора минералогии Форстера.
После 1825 года, согласно Указу Николая I, в музей стали поступать все самородки золота и платины, имеющие «несколько золотников весу».
В 1996 году музей в составе Санкт-Петербургского государственного горного института включен в государственный свод особо ценных объектов наследия народов Российской Федерации.
Общее число единиц хранения – более 233 000 музейных предметов, в экспозиции – 36 000.
Общая площадь музея – 4398 м2, под экспозицией – 3521 м2.
В наши дни собрание Горного музея представлено коллекциями минералов, горных пород, метеоритов, ископаемых окаменелостей, моделей и макетов горной и горнозаводской техники, коллекциями высокохудожественных изделий из камня и различных металлов, а также документами по истории Горного института и музея, которые имеют мировую известность. В структуре музея шесть отделов: минералогия, геология, петрография, месторождения полезных ископаемых, история горной и горнозаводской техники, история Горного института.
Основные направления деятельности музея: учебная, научно-экспозиционная, пропаганда и популяризация научных знаний, учетно-хранительское дело, издательская, научно-исследовательская.