В 1990 году, после принятия постановления Правительства о создании Музея Мирового океана, из фондов Калиниградского  историко-художественного музея в новый музей было передано около 1500 экспонатов. Научная  концепция создания музея отражает историю изучения и познания океана и современное представление человека о природе океана, его прошлом, настоящем и будущем.
	     Музей обладает большой геологической коллекцией, которая начала формироваться в 1986 г. Она состоит из образцов горных пород, осадков, минералов и руд, взятых со дна современных океанов и морей, а так же на  океанических островах  и побережья океанов. Наиболее полно в коллекции представлена геология Атлантического океана и Балтийского моря. Другие океаны и моря представлены фрагментарно. В небольшом объеме представлены образцы древних океанов.
	    Палеонтологическая коллекция начала формироваться с 1990 году. Образцы собраны на территории  Московской и Новогородской областей, на побережье Балтийского моря, на Северном Кавказе, в Крыму, на Урале, в Западной Сибири.
	     Одной из интереснейших и редких коллекций музея является уникальное собрание янтаря с  инклюзами  (биологическим включениями).  Основу коллекции составляет балтийский янтарь. Самый большой  образец – янтарь массой 1208 гр.
	      Общее число единиц хранения – 25 000 экспонатов (основной фонд).
	     Общая площадь, занимаемая геологической, палеонтологической и янтарной коллекциями:  225 м2, под экспозицией – 180 м2.
	     Основные темы экспозиции:
	Экспозиция на борту научно-исследовательского судна «Витязь»:
	- 
		геологические исследования на НИС «Витязь»;
 
	- 
		биогенные осадки океана;
 
	- 
		минеральные ресурсы морей и океанов;
 
	- 
		рождение литосферы океана;
 
	- 
		глубоководное бурение в океане;
 
	- 
		«Каменная  летопись Земли»;
 
	- 
		«Огненные пояса Земли»;
 
	- 
		Коллекция кораллов.
 
	
	 
	Экспозиция «Мир океана»:
	- 
		горные породы островов и побережья Мирового океана;
 
	- 
		пески Балтийского побережья;
 
	- 
		янтари мира;
 
	- 
		палеонтологическая коллекция;
 
	- 
		коллекция раковин морских моллюсков;
 
	- 
		нумизматическая коллекция;
 
	- 
		коллекция моделей исторических судов;
 
	- 
		коллекция якорей;
 
	- 
		детская интерактивная выставка «Загадки океана»;
 
	- 
		ландшафтный парк «Балтика без границ» (валуны побережья Балтийского моря).